截获马尼拉大帆船的辉煌胜利，如同给大明远征舰队注入了一剂强心针。然而，这股兴奋劲儿还没持续几天，一个比西班牙人更可怕、更无形的敌人，便悄然降临——热带瘟疫。
吕宋岛地处热带，气候湿热，雨季过后，沼泽丛生，本就是蚊虫肆虐、疫病高发之地。明军将士多来自温带地区，对此地恶劣的卫生环境极不适应。连日征战、精神紧张、水土不服，极大地降低了他们的免疫力。
最初，只是在几个靠近沼泽的陆战队营地里，零星出现一些发烧、腹泻的病例。随军的几位医官起初并未太过在意，只当作普通的水土不服或瘴气入侵处理，用了些清热祛湿的常见草药。
但很快，情况急转直下。发病的人数迅速增加，症状也变得凶险起来。许多士卒先是感到寒意刺骨，即使在热带炎热的天气里也裹着厚厚的毯子瑟瑟发抖，随后体温又急剧升高，面色潮红，汗出如浆，并伴有剧烈的头痛、关节痛和呕吐。更可怕的是，一些人身上开始出现细小的出血点，甚至神志不清，胡言乱语。
随军医官中较为年轻的一位，面色惨白地向施大瑄和李文博汇报：“将军，李大人……这，这恐怕不是寻常瘴疠！看这寒热往来、头痛如劈、乃至斑疹隐现……极似《瘟疫论》中所载之‘瘴疟’，而且来势凶猛，恐……恐是恶性的！”
疟疾！这个可怕的词汇，让施大瑄的心沉入了谷底。他久在东南沿海，听说过这种疾病的恐怖，一旦在军中大规模爆发，往往比敌人的刀剑造成的伤亡更为惨重。
疫情迅速蔓延。不仅陆战队营地，连停泊在港湾内的舰船上也开始出现病例。一时间，军营和船舱里躺满了痛苦呻吟的士卒，浓郁的药草味和隐隐的秽物气味混合在一起，令人作呕。原本因获胜而高昂的士气，以肉眼可见的速度低落下去，恐慌的情绪开始蔓延。
随军的医官们竭尽全力，但他们携带的草药对于这种恶性疟疾效果甚微。那位曾接受过格物院初步卫生知识培训的随军医官（姓吴），焦急地向施大瑄建议：“将军，此疫主要通过蚊虫叮咬传播！必须立刻将所有病患隔离开来，与健康士卒分开居住！营中所有积水必须清理，士卒需使用蚊帐，饮水务必煮沸！还有……焚烧艾草、硫磺等物驱蚊，或有些许效果！”
施大瑄深知事态严重，立刻全盘采纳了吴医官的建议。他下令在营地外围搭建专门的隔离区，将所有病患移送过去，由染病后痊愈的士卒（若有）或胆大的志愿者照顾。健康的士卒被严格要求使用蚊帐，夜间不得随意出入舱室或营帐。舰队和营地内展开了大规模的清洁运动，填平积水洼地，清理垃圾，每日焚烧驱虫药草。
然而，措施虽好，执行起来却困难重重。热带雨林环境，蚊虫滋生速度极快，防不胜防。隔离措施虽然延缓了疫情扩散，但每天依旧有新的病例出现。煮沸饮水需要大量燃料，在潮湿的环境下获取干燥的柴薪并非易事。更重要的是，随军携带的治疗疟疾的特效草药“金鸡纳”（奎宁的原料）极其稀少，几乎可以忽略不计，只能依靠传统药方硬抗，效果极其有限。
看着每日上报的、不断攀升的病患和死亡名单，施大瑄心急如焚，却又无可奈何。非战斗减员的速度，已经远远超过了战斗伤亡。再这样下去，不需要西班牙人来攻，这支远征舰队自己就要被瘟疫拖垮在异国的海岸边。
“吴医官，难道……就真的没有更有效的法子了吗？”施大瑄的声音带着一丝沙哑和疲惫。
吴医官苦涩地摇了摇头：“将军，瘴疟之疾，古来难治。除非……除非能弄到西洋人的‘金鸡纳霜’，据说对此症有奇效。可西班牙人视若珍宝，我们如何能得到？”
希望，似乎渺茫。远征的前景，被这突如其来的瘟疫蒙上了一层厚厚的阴影。
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