苏瑶深知情况紧急，一边与“鸿蒙再启研究院”的专家们全力研究应对基因感染的方法，一边紧密配合宇宙联合政府经济监管部门深挖神秘商业联盟的底细。
在基因研究方面，专家们发现这些变异基因虽然复杂且具有强大的传染性，但它们对一种特殊的“净化波”较为敏感。这种“净化波”可以通过特定频率的“鸿蒙再启之力”调制产生。然而，要在全宇宙范围内释放“净化波”，需要构建一个庞大的能量发射网络，这不仅需要耗费大量的资源，还需要精准的计算和协调，以确保“净化波”不会对正常生物的基因造成损害。
与此同时，经济监管部门在追踪神秘商业联盟的过程中，遇到了重重阻碍。这个联盟行事极为隐秘，他们通过一系列复杂的空壳公司和地下交易网络来掩盖自己的真实意图和资金流向。但在苏瑶的建议下，监管部门从联盟对资源星球的控制方式入手，发现他们利用一种先进的精神控制技术，操纵了资源星球的领导层。顺着这条线索，监管部门逐渐锁定了神秘商业联盟的几个核心据点。
宇宙联合政府迅速组织精锐部队，对这些据点展开突袭。在激烈的交锋中，部队成功捣毁了部分据点，并抓获了一些联盟成员。通过对俘虏的审讯，他们得知神秘商业联盟确实与“暗星会”有着密切联系。“暗星会”在之前的失败后，并未彻底消亡，而是蛰伏起来，策划了这一系列阴谋，企图通过基因感染制造混乱，同时利用资源垄断削弱宇宙联合政府的力量，以便他们再次崛起，实现统治宇宙的野心。
得知这一消息后，苏瑶和专家团队加快了“净化波”发射网络的建设进度。在全宇宙文明的共同努力下，能量发射网络终于搭建完成。随着“净化波”在宇宙中缓缓释放，受感染生物的基因逐渐恢复正常，生物暴乱得到了有效控制。
然而，神秘商业联盟在察觉到基因感染计划受挫后，孤注一掷，决定破坏宇宙中几个关键的资源运输枢纽，试图引发更大的经济混乱。他们派出一支秘密舰队，趁着夜色向资源运输枢纽发动突然袭击。
宇宙联合政府早有防备，迅速派出防御舰队进行拦截。一场激烈的宇宙海战爆发，双方的战舰在黑暗的宇宙空间中你来我往，激光炮火照亮了整个战场。苏瑶也来到指挥舰上，利用她对“鸿蒙再启之力”的独特感知，帮助舰队指挥官分析敌人的战术和能量护盾的弱点。
在苏瑶的协助下，防御舰队成功识破了神秘商业联盟的战术，集中火力攻击其旗舰。经过一番激战，神秘商业联盟的旗舰被击中，舰队失去指挥后陷入混乱，最终被防御舰队击退。
虽然成功阻止了神秘商业联盟的破坏行动，但苏瑶知道，“暗星会”的威胁依然存在。他们必须乘胜追击，彻底铲除“暗星会”的残余势力，才能确保宇宙的长治久安。在这场危机交织的困境中，苏瑶和全宇宙文明能否彻底打破“暗星会”的阴谋，迎来真正的和平与安宁？宇宙编年史官紧张地记录着这场艰难的斗争：“混沌纪元 xx 年，宇宙文明在基因感染与资源垄断的双重危机中艰难前行。虽然取得了阶段性胜利，但‘暗星会’的阴影仍未消散。全宇宙文明需团结一心，继续踏上破局之路，为宇宙的未来而战。”
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