攻防战结束后，三人组便将夺取目标暂定为艾伦。在某天晚上阿尼和莱纳杀死了被调查兵团俘获的两只巨人，两个巨人被杀使调查兵团警觉，不久后阿尼与阿明、柯尼等人一起接受立体机动装置检查。期间柯尼谈起了毕业后的志愿问题，他对接下来是否要去调查兵团犹豫不决，还问了下阿尼的意见，阿尼只是让柯尼遵循自己的想法。
然后阿尼也问了阿明的意愿，阿明说：“我想，假如理解了不得不怎么做的理由，那时候也有人也不得不去死。虽然这种事很讨厌......”，阿尼听了之后明白了阿明是决定去调查兵团，对阿明说:“你决定了啊...你虽然很弱，但却很勇敢呢。”阿明也说:“谢...谢谢，阿尼你其实挺温柔呢。”
阿尼听后有些讶异，阿明解释说:“因为你似乎不希望我们加入调查兵团呢，而且你也是有原因才加入宪兵团的吧?”阿尼答道:“不，我只是想让自己得救罢了。”在当晚的解散仪式中，阿尼头都没回的离开了队伍，加入了宪兵团。
阿尼独自加入宪兵团在调查兵团第57次壁外调查中，阿尼变成女巨人首先袭击了侦查阵型的右翼，并吸引巨人使右翼全灭，在没有发现艾伦踪迹后便调转方向，突然出现在阿明等人所在的位置。
阿尼迅速消灭了试图阻止她前进的两个调查兵前辈，然后立刻追上阿明并将阿明从马上击下，正当阿明以为眼前的巨人即将杀掉自己时，阿尼却只是掀起他的帽子看了看他，然后便直接离开了，使留在原地的阿明瑟瑟发抖。随后莱纳和让接连赶到，莱纳先是从阿明口中套出了艾伦位于阵型中央靠后的情报，之后让建议他们三人协力吸引女巨人为了大部分撤退争取。然后三人迅速开始行动，追上速度变慢了的阿尼，阿尼首先将阿明的马拍飞，阿明从马上摔下负伤。
阿尼蹲下低头看着躺着地上的阿明，阿明在与女巨人对视时似乎察觉到了些什么。后面的让见阿明被击倒，着急的冲向女巨人，阿尼立刻转身挥拳攻击让，让勉强躲过了这一击。正当阿尼准备再次攻击让时，阿明突然在一旁大喊：“让！你要为右翼那个急着送死的家伙报仇啊！”
阿尼听到艾伦的外号，稍稍迟疑了一下，让便趁机逃脱。接着莱纳也冲向女巨人，阿尼立刻用（女巨人的）手将莱纳攥住，莱纳便用刀刃将艾伦的位置刻在女巨人的手心中，然后劈开女巨人手指“逃走”，阿尼得到艾伦位置的情报后，立刻向阵型中央偏后方赶去。
在战场上放走阿明
阿尼一直追赶调查兵团至巨木森林，并在树林内的走廊发现了和利威尔班一起行动的艾伦。阿尼一路上杀死了许多试图阻止她的调查兵，利威尔班的几位成员见状又惊又怒，向利威尔请求出战。
但利威尔发射了信号弹后让艾伦做决定，最终艾伦选择相信伙伴，继续前进。正当阿尼想要伸手抓住艾伦时，埋伏在四周的调查兵启动陷阱，将女巨人控制住，使阿尼只能保护后颈动弹不得。调查兵团的刀刃无法切开女巨人的硬质化，于是埃尔文打算使用炸药将女巨人的手臂炸开，但阿尼突然使用女巨人吸引无垢巨人的吼叫能力，大量奇行种蜂拥而来啃食女巨人，调查兵们拼命阻止奇行种啃食女巨人，但由于奇行种数量太多，女巨人还是被啃食一空，阿尼也利用巨人产生的蒸气逃脱。
见此情景，埃尔文只能无奈选择撤退。正当艾伦和利威尔班准备撤退时，阿尼伪装成调查兵发射了信号弹，艾伦等人误以为是利威尔的信号于是赶紧前往阿尼的方位，阿尼首先用刀刃瞬间杀死了其中一名成员，然后再次变身为女巨人。
艾伦见状想要变成巨人，但是被利威尔班阻止，因为艾伦的巨人之力存在风险，利威尔班也希望艾伦能够相信他们的实力。于是，艾伦选择了相信伙伴。但没有战斗多久利威尔班另外三名成员就全被阿尼杀死，艾伦目睹了伙伴全灭之后愤怒的变身为巨人，不顾一切的向女巨人（阿尼）冲来。双方在森林里展开了激烈的搏斗，一开始阿尼被艾伦发疯似的猛攻吓到，在战斗中处于被动，但阿尼反应过来之后立刻使用自己的格斗技加硬质化能力秒杀了艾伦的巨人，并把艾伦本体从巨人后颈中咬出逃离森林。
一战艾伦（巨大森林之战）碰巧赶到的三笠目睹了女巨人（阿尼）将艾伦带走，于是不停的追赶阿尼，阿尼一边奔跑一边与三笠交战，随后兵长利威尔也赶到。利威尔在与三笠交谈之后一起向阿尼发起进攻，结果阿尼不敌利威尔，女巨人几乎丧失战斗能力，艾伦也被利威尔夺回。利威尔在带着艾伦离开时回头看了一眼女巨人，他惊讶的发现女巨人竟然流下了眼泪。
第57次壁外调查最终以调查兵团的惨重失败结束，调查兵团在回去的街道上遭到了无数质疑和白眼。严重的损失使调查兵团失势，团长埃尔文被传唤到王都，艾伦也即将被引渡。
任务失败后以巨人的姿态流下眼泪突袭斯托赫斯区在第57次壁外调查结束之后的一个早上，阿尼因为室友希琪没有叫她起来所以起了晚床。宪兵马尔洛对宪兵团的腐败十分不满，说宪兵团都是一群只会考虑自身利益的人渣，还说自己与其他宪兵不是同类，因为他是为了改变宪兵团才来到这里的，并说了自己爬到上位之后想做的事。
一直没有说话的阿尼听到后问：“难道说你自己或者遭受过不公?”马尔洛说没有，他不会杀掉他们，而是想让他们得到教训，还说只是想人们变回本性善良的普通人，阿尼听后却说马尔洛是错的。阿尼说马尔洛是正直的人，自己也敬佩像他这样的人，但他这种人是珍稀动物，并不是普通人，而是特殊的人，而阿尼自己这样的就是人渣、坏蛋，总之不能算正直的人，但确确实实是“普通的人类”，她只是想把这种只会随波逐流的懦夫也称为人。其他宪兵听完后没有多说什么，只是调侃阿尼突然打开了话匣子，然后便去执行任务了。
无论你是否愿意，清晨依旧来临。在路上，阿尼突然被藏在墙角的阿明叫住，阿尼便离开队伍去见阿明。看见阿明奇怪的装束，阿尼问阿明有什么事，阿明请求阿尼能帮助艾伦逃跑，阿尼觉得他们的计划太荒唐，拒绝了阿明然后转身离开。在阿明的一再恳求下，阿尼问道：“在你眼里我是那种乐于助人的好人吗？”阿明回答说：“好人吗？我不喜欢这种说法，因为我觉得这只是人们用来称呼对自己有用的人的。我认为不存在对所有都有用的人，就算你做了对某人有益的事，或许也会伤害到其他人......所以，阿尼如果不帮我们，那阿尼对我来说就是坏人了。”阿尼听后沉默了片刻，然后戴上用于变身的戒指后答应了阿明。
“微笑”
但走到一处地下室时，阿尼却停在了门口，察觉到周围不对的阿尼表情阴狠的对阿明说：“唉......真让我伤心。阿明你到底是什么时候用那种眼神看我的？”阿明提到了马可的立体机动装置，并问阿尼那两只被活捉的巨人是不是她杀的。阿尼没有直接回答，而是将头扭到一边问道：“谁知道呢，可是，如果你一个月前就考虑到这一步。
为什么，不在那个时候采取行动？”阿明听后震惊的说不出话，一会儿后颤抖着说:“我到现在也不愿意相信......可那时候阿尼你不也是没有杀我才沦落到这种地步的吗？”
阿尼自言自语的说:“是啊，我也是这么想的，我居然会被你逼到这种地步，那时候......到底是为什么呢？”
这时着急的艾伦喊着让阿尼下来证明某些东西，但阿尼只是喃喃自语道：“我没资格当一名战士......”而阿明还试图和阿尼交谈一下，早已失去耐心的三笠打断了阿明，拔出刀刃扬言要把女巨人（阿尼）大卸八块。
阿尼露出了一个诡异的笑容，然后对阿明说：“阿明，我对你来说是好人真是太好了，这次姑且算你赌赢了......不过，我的赌局才刚刚开始。”然后做了一个想咬手变身的动作。眼疾手快的阿明立刻发出信号弹，埋伏在周围的调查兵一拥而上，将阿尼控制住，但阿尼还是用手上戒指的机关划伤了自己，变身为巨人......
地下室入口的对峙原来，阿明先通过女巨人对艾伦外号有反应这一点将嫌疑人范围缩小至104期之内，再加上他注意到了阿尼用马可的立体机动装置应付检查，于是阿明便将女巨人身份和杀死被俘虏的两只巨人的嫌疑人锁定在了阿尼身上，而三笠也觉得女巨人的面貌和阿尼很像。尽管没有直接的证据，但调查兵团还是决定将阿尼引进地下室，然后进行抓捕，于是便有了地下室入口的那一幕。
阿明发现马可的立体机动装置
阿尼变身后艾伦、三笠、阿明立刻逃进地下通道商议下一步计划，阿尼在地上毫无顾忌的破坏地下通道，艾伦打算变身保护三笠和阿明，但不知为何艾伦无论怎么弄伤自己都无法变身。
三笠见状质问艾伦：“......其实你明白吧？女巨人就是阿尼，那你又怎么能不战斗？难道......与什么特殊的感情妨碍了你的判断？”阿明这时也想好了计划，由他和三笠分别由地下室的两个出口同时冲出来，阿尼只能应付其中一个，艾伦就可以趁机逃走。三笠听罢立刻和阿明开始行动，艾伦看到二人赴死似的行为，问道：“为什么你们......能战斗啊？”
三笠回头答道：“没办法的吧？因为这个世界是残酷的。”艾伦听后终于下定了决心，变身为巨人从地下冲出，挥拳打飞了女巨人。女巨人从空中落下时砸中了一座建筑，造成了里面的平民大量死亡，阿尼看着死在自己手下的平民，露出了惊恐了神色，然后便逃到一处空旷地带，与追赶而来的艾伦交战。阿尼无心恋战，摆脱艾伦后便向墙壁跑去，试图攀爬墙壁逃走，速度快到立体机动装置无法追上。
阿明让巨人化的艾伦用手将三笠抛出去追上阿尼，三笠在空中将女巨人的手指斩断，坠落到地上的阿尼很快就被艾伦和调查兵们制服。在即将被调查兵团俘获之时，阿尼想起了和父亲的约定，毅然决然的使用硬质化能力将自己包裹在水晶之中，调查兵团对硬质化水晶毫无办法，无法从阿尼口中得到任何情报，只能将阿尼关押在斯托赫斯区的地下深处。
“沉睡”期间
在玛利亚之墙之战爆发前，莱纳因为想先去营救阿尼而与吉克在巨人状态爆发了战斗，结果是莱纳被击败，于是只能服从吉克先夺取“坐标”的安排。
在四年后于阿尼故乡雷贝里欧举办的马莱向帕拉迪岛宣战仪式的那天晚上，前来观看仪式的莱纳母亲与阿尼父亲谈到了阿尼。因为阿尼没有回来阿尼的父亲对莱纳母亲一番冷嘲热讽，但莱纳母亲觉得阿尼也像贝尔托特一样“把一切都献给了马莱”，但是却被阿尼父亲否定了，他相信阿尼还活着，因为阿尼答应过他一定会回来。
阿尼的父亲就在宣战仪式的同一天晚上，调查兵团突袭了收容区。这场战役不仅重创了马莱军队，也给收容区的平民造成了巨大伤亡。调查兵团凯旋后，阿明独自一人坐在地下室，给水晶中的阿尼讲起了调查兵团与反马莱义勇兵联合的往事，对阿尼诉说着心中的苦楚，并希望阿尼能对他做出答复。
一段时间后，阿明又来到了关押阿尼的地下室，当他伸手去触摸水晶时被突然出现的希琪抓了现行。阿明急忙解释自己是为了通过接触获取情报，而不是想做什么“亏心事”，并恳求希琪不要禁止自己出入。希琪表示不会这么做，因为只有自己陪阿尼说话阿尼也会觉得无聊，随后希琪对阿尼说到：“真是的，你只是在睡而已为什么还这么受欢迎啊。”
阿明对水晶中的阿尼倾诉醒来854年，在马莱突袭帕拉迪岛的那一天，艾伦排除重重阻拦通过与吉克接触获得了始祖巨人之力，发动地鸣解除了岛上所有的硬质化，释放出了墙壁内的巨人。包裹阿尼的水晶也在同一瞬间溶解，这个决定回到父亲身边的女孩在“沉睡”了四年之后终于在地下室醒来了。
溶解与此同时，正在清理墙巨造成的废墟的希琪察觉到了地下室的异样，前去查看时被隐藏在角落的阿尼挟持，结果身体虚弱的阿尼被希琪轻易制服，阿尼提前将手割伤以变成巨人要挟希琪，希琪思考之后决定带阿尼离开。二人到达马厩后，阿尼提到自己在水晶中还存在意识，四年来通过阿明和希琪的话大致了解了外界的情况，也和其他艾尔迪亚人一样听到了艾伦的灭世宣言。
在和希琪一起骑马走在大街的路上，希琪问阿尼看到被她和艾伦造成的尸体时有什么感想，阿尼便对希琪说了自己内心的想法，讲起了自己的身世，还说：“我呢...有个等着我回去的父亲。而且...其他人跟我一样，也有对他们来说很重要的人...我不再觉得一切都不重要了。我的确认为自己之前犯下了无法挽回的罪。
......不过，如果那是为了回到父亲身边，我还是会做相同的事。”希琪很高兴阿尼能告诉她这些，但接下来惋惜的说：“但是，就算你回到父亲身边，可能也只剩下瓦砾堆和尸体了。”阿尼默默的答道：“......是啊。”
20岁的阿尼
此时的雷贝里欧收容区也发生了剧变，以阿尼父亲为首的听到了灭世宣言的艾尔迪亚人要求马莱守卫允许他们逃离这里。然而马莱守卫不仅不相信他们的说法，还蛮横无理的认定收容区的人犯下了共谋罪，强迫众人跪下要将他们全部逮捕。阿尼父亲在跪下时想起了当年与女儿的约定，突然起身大喊着用格斗术向守卫发起攻击，在一阵枪声之后，镜头调转，阿尼父亲和其他战士家属生死不明......
阿尼和父亲的约定第二天早上，阿尼外面吃饭时与阿明、柯尼、贾碧、法尔科偶遇，阿尼狼狈的吃相遭到柯尼的无情嘲讽，随后阿尼给希琪留下纸条，感谢了希琪四年来的陪伴并向她告别，然后同阿明等人去与三笠会和。在乘坐马车前去与韩吉会和的路上，阿尼注意到了远处的阁楼有人在看着他们（后续剧情揭示为教官夏迪斯）。
与阿明等人偶遇加入救世小队当晚，阿尼等人与韩吉、马加特一行人会和。阿尼对他们关于马莱与艾尔迪亚历史恩怨的争执毫无兴趣，直问调查兵团能不能杀掉艾伦，三笠说解决方法并不是只有杀了艾伦一个，阿明认为应该先和艾伦交谈。阿尼对他们的回答感到失望，尖刻的对三笠说:“要是故乡在马莱的我们想要除掉艾伦...你们一定会为了保护艾伦而跟我们战斗...结果一定是这样吧?
三笠，毕竟你应该没有想过还有什么比艾伦更重要了吧？”结果激怒了三笠，差点造成冲突，最终阿尼做出让步，同意先和艾伦对话，随后韩吉打圆场让大家吃饭。在众人围坐在篝火前吃饭说话时，伊莲娜向让提起了当年马可死亡的真相。在让的眼神质问下，阿尼承认是自己拿走了马可的立体机动装置才导致马可被巨人吃掉，莱纳也立刻解释阿尼只是服从自己的命令，莱纳主动担起责任令阿尼有些意外，莱纳被让痛殴之后阿尼蹲在莱纳身旁查看他的伤势。次日，阿尼与众人一同前往港口。
终结之夜到达港口附近之后，众人发现耶格尔派已经占领了港口。阿尼认为想要夺得飞船只有在瞬间杀掉敌人，因此必须要用到所有人的力量，但是调查兵团众人却不想同室操戈，阿尼对调查兵团的反应很不满意，并质问阿明，让阿明给出一个两全其美的方法，就像当初把她逼到绝境一样。
莱纳建议不让调查兵团出面，但是接下来韩吉推测“地鸣”已经抵达马莱大陆令众人十分震惊，终结了众人的对话。马加特放下身段对调查兵团鞠躬道歉，并向调查兵团求助，但被阿明一口回绝（实际上调查兵团还是帮忙了）。阿明和柯尼先去骗弗洛克说他们在追击车巨和铠巨，需要日出国的飞船和技术人员，试图在不爆发冲突的情况下带走技术人员和飞船，可却被弗洛克识破，双方还是爆发了战斗。
在计划暴露后，阿尼和莱纳在港口变成巨人吸引耶格尔派火力，但不久后计划改变，阿尼需要和莱纳保护日出国的技术人员和飞艇，遭到大量雷枪攻击，期间莱纳用巨人身体帮阿尼当下了一次致命攻击，最终阿尼和莱纳在巨人状态下遭耶格尔派重创，失去行动能力。在千钧一发之际，柯尼挺身救下了二人，随后阿尼被三笠扶上轮船。
和莱纳在港口变身在轮船驶往机库的路上，阿尼得知故乡已经无法被拯救，精神几近崩溃，想要退出救世小队。韩吉告诉阿尼他们此行不是为了马莱或者雷贝里欧，只是为了尽量多救一个陌生人，阿尼听到后对着众人说：“如果是这样，那我回到最初的问题，你能杀掉艾伦吗？在我要杀了艾伦的时候...你会只是眼睁睁地看着吗？我已经不想再战斗了。我不想跟你互相残杀。还有你们...还有艾伦...”
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