朱载坖很清楚，要加强朝廷的权威，就必须强化京营的战斗力，同时让京营、亲军诸卫等部轮戍边镇，展示朝廷的力量，以震慑不臣，这点是极为重要的，大明已经有百余年没有将京营等部派出去作战的，之前的辅臣们对于此事都是极为反对的，他们主要是认为京营孱弱，不能够作战，反而有可能会暴露朝廷虚弱的事实。
这也是导致成化、弘治以后募兵日增，余子俊当年就指出：“边疆虏寇黠谋狡计，难以轻测，声东击西，当预为备。近来边疆遇警，张大虏势，擅请禁兵。且京军先期而去则费食粮草，待报而行又缓不济事。且照各处沿边俱有总兵、镇守等官，设法剿捕。今不专责其成功而辄从其告急，遂为发兵，骚扰地方，虚耗粮草。偶尔遇敌则擒斩多属于边军而功次尽归于权要。遣人从公拣选精壮、平昔惯战之人，立为队伍。如或数少，就于官员旗军之家募选精锐舍余。”
这些官员们认为京营战斗力不足，京军只作为声援和通过边军畏惧京军扰害的心理来激励边军的士气，当边军无力支撑时才能投入战场，那朝廷每年花费巨额钱粮，豢养京营干什么？而且他们认为京营龟缩在京师就能够震慑地方，这种想法完全就是掩耳盗铃，真当地方的这些军头们是弱智不成，京师困守京师，能有战斗力才是咄咄怪事的。
不仅仅如此，在弘治、正德年间，其实京营的衰败已经是大明人所尽知的事情了，当时的首辅李东阳就曾经上疏称：“比年命将出讨，多领官军掾史，动数百人，往往怙宠恃势，所过州县需索百端，临戎接战则耎缩不前，报捷纪功则争奔恐后，使边民兴怨，边士离心。至或阳称贼退以幸其早还，或阴匿边情以弭其复出，其为弊也何可胜言。况制胜则所费不訾，失利则损威不细。”
在当时的大明朝廷中，普遍的看法就是京军出征贻误边情，财政成本较高，一旦军事失败会损害朝廷权威，所以京军应该作为威慑力量巩固京师根本，达到居重驭轻的军事布置以保证朝廷权威。稳固边防的办法在于严禁损害士兵的政治、经济利益来维持边军士气和招募当地土着补充兵员。
这样一样，九边募兵日增，朝廷的军费开支也就愈加浩大，长此以往的话，朝廷的财政压力将会越发的增加，而边镇则会形成尾大不掉之势，这对于大明的长治久安绝非好事，所以朱载坖这次的改革，最大的着眼点就是要消弭尾大不掉之势，加强朝廷的权威，以京营威慑天下。
同时减少九边驻军，精实军额，节省军费，对于王守仁等人之前所倡导的募兵，朱载坖也予以了批评，王守仁等人认为：“况今官军之出，战则退后，功则争先，亦非边将之所喜。彼之请兵，徒以事之不济，则责有所分焉耳。今诚于边塞之卒，以其所以养京军者而养之，以其所以赏京军者而赏之，旬日之间，数万之众可立募于帐下，奚必自京而出哉？”
朱载坖认为京营集天下精兵，就是要起到震慑天下的作用，京营不能承担起战略预备的职能，就会导致九边军镇的膨胀，这对于朝廷是有百害而无一利的，除了充实京营之外，还有一个重要事情就是将募兵的权力收归朝廷，在之前的募兵，尽管也需要朝廷的批准，但是往往都是地方官府和当地军镇进行募兵，这就造成其中弊端百出，既不能够保证朝廷兵员的质量，也不能够保证数量，在募兵的过程中各种各样的舞弊手段频出。
同时募兵的大权在地方和各镇手中，实际上就使得所谓将不专兵成为一纸虚言了，因为这些士卒由将帅们招募、也由他们训练，和各级将领之间关系紧密，势必在军中形成团体，假以时日就是藩镇，这点朱载坖是很清楚的，之前朱载坖为什么要坚决废止家丁制度，就是防范藩镇的可能，官军必须由朝廷统一调度，这点是毋庸置疑的。
朱载坖不仅仅以军机处统一军令，同时兵部也要发挥军政机关的职能，以保证朝廷对于官军的控制，朱载坖不是要像两宋那样搞守内虚外，官军必须要维持战斗力，所以朱载坖一方面是重将权，另一方面是通过制度的形式来防止藩镇的可能，朱载坖将募兵的职能由地方上收到朝廷中来。
首先就是募兵数额的确定，这是军机处的职能，军机处下设的参谋军务总署负责按照实际情况规划官军驻守各地的员额总署，而清军督练总署负责核实军籍，确定每年要裁汰退役的士卒人数，确定每年需要征募的士卒总数，确定好需要补充的士卒总数之后，上奏军机处，经军机大臣们讨论之后取自上裁，御批同意之后，将所需要整补的士卒总数交给兵部，兵部确定在各省直和各都司、行都司、留守司征募的士卒数量，与都察院一道派出募兵主事和御史，按照朝廷所制定的募兵则例招募士卒。
招募来的士卒由清军督练总署在各地接受复查无误之后，展开训练，为了训练新兵，朝廷在蓟镇、陕西镇、应天府、广州府、成都府设立练兵司和练兵都指挥使，水师则是在天津和广州设立督练处，负责培训水兵，在经过训练考核之后，由清军督练总署分发官军各部。
通过这种方式，朝廷不必行更戍而有更戍之实，能够最大程度的保证官军既有战斗力，同时不会出现将校专兵的情况，而同时则是要制定军纪，严肃军纪，朱载坖命令军机处以戚继光当年在蓟镇练兵时的军纪军规为纲要，编定大明水陆二师军纪军规，通行官军各部，对于违犯军纪的，照章惩处，使得官军战斗力得以强化。
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