在外放这些翰林官之后，朝廷还从符合条件的地方和各部院寺监官员中考选了一批翰林官，充任庶吉士，在翰林院学习之后准备外放。
然后就是对六部堂官的调整，原任户部尚书鄢懋卿以老病请辞，朱载坖予以准允，加鄢懋卿太子太保、光禄大夫，赐驰驿遣锦衣校尉护送回乡，朱载坖任命王国光为户部尚书，杨俊民以户部左侍郎总理盐政，张学颜加户部尚书衔总督仓场兼司农寺卿，原任南京户部尚书宋纁为提督税务总署，原任右都御史梁梦龙升户部尚书提督海关总署。
朱载坖对于礼部尚书陆树声早就极为不满了，之前因为谭纶的事情，朱载坖就对他比较反感，所以这次鄢懋卿致仕，朱载坖借机将陆树声予以罢免，选任原南京礼部左侍郎徐学谟为礼部尚书。
同时调原提督流外铨选院吏部左侍郎陆光祖回部管事，以原南京右都御史杨巍为吏部左侍郎提督流外铨选院。
宣大总督郑洛调刑部尚书提督巡检总署，原兵部左侍郎吴兑加兵部尚书衔总督宣大。
除了六部之外，还有就是阁臣的选任，原任武英殿大学士陈以勤、文渊阁大学士吕调阳，以老病请辞，朱载坖都予以准允，加恩于他们的子孙，尤其是陈以勤之子陈于陛，加翰林学士，兼任国史副总裁，继续其父修史之事。
这样一来内阁的人手就不足了，虽然张居正很想当铁人，但是现在内阁只有三个人，张居正、张四维、潘晟，张四维还出镇南京，实际上只有两人办公，内阁显然是吃不消的，张居正之前就上疏请求增补阁臣，朱载坖也予以同意了，朱载坖下旨，原翰林学士、右副都御史巡抚顺天申时行，改任礼部左侍郎、东阁大学士，入阁预机务。
但是张居正还是认为内阁缺人，现在内阁干活的只有三个人，朱载坖一旦东巡的话，就只剩下两个人干活，张居正认为最少还是要增补一名阁臣才行。
朱载坖于是下令廷推，廷推礼部左侍郎于慎行和吏部右侍郎余有丁两人，朱载坖最后圈定余有丁入阁，朱载坖选择余有丁是有深意的，现在内阁五个人，张四维虽然是次辅，但是出镇南京，实际在内阁干活的就四个，张居正和他的死党潘晟，再加上新入阁的两个同科，嘉靖四十一年的状元申时行和探花余有丁，不仅仅是新老搭配，更是一种权力制衡。
朱载坖信重张居正，要维护他的首辅尊严，但是作为皇帝，同样要在内阁当然安排自己的人，所以朱载坖选了申时行和余有丁这两人入阁，他们两人性格都相对比较温和，不容易和张居正起冲突，但是做事沉稳，尤其是申时行，还是颇有手腕的。
除了京师之外，对于地方重臣，也要予以调整，原右都御史总督浙直杨继盛，回朝担任右都御史，原南直隶巡抚沈炼接任，同时调山东巡抚吴百朋为南直巡抚，曹国公李庭竹病重，罢提督蓟辽大宁等处军务事，回京休养，调原提督宣大军务黑春担任提督蓟辽大宁军务，原任大同总兵郭琥升任提督宣大军务事。
原任宣府镇总兵，英国公张元功回京，任京卫都指挥使，原京卫都指挥使严绍庭，调辽东总兵官，朱载坖经过一连串人事任免，对于朝廷的重要岗位予以轮换，同时还确定了随驾的人选，首辅张居正、武英殿大学士潘晟、东阁大学士余有丁留守京师，东阁大学士申时行随驾。
重臣方面，总督仓场户部尚书张学颜、工部尚书严世蕃、吏部左侍郎陆光祖、兵部左侍郎吴兑、右都御史杨继盛、英国公张元功、蓬莱侯戚继光、恭顺侯吴继爵、武定侯郭大乾等一干重臣随驾。
对于朱载坖的决定，太子朱翊釴当然是不太开心，朱载坖出门浪了，他就得坐镇京师，朱翊釴说道：“父皇坐镇京师，儿臣代天巡狩也不是不行。”
回答他的是朱载坖的白眼，眼下隆庆十五年已经算是结束了，各衙门都准备封衙休息了，朱载坖也在查阅各部的总结和明年的预算等事项，不是重大事情，这几日都不会来烦朱载坖的，连平日里最讨厌的言官御史都不敢多说什么。
不过隆庆十五年十二月二十八日，一份从广州来的急递打破了京师祥和的过节气氛，这份急递的是大明派往佛郎机的使节翰林编修萧良有、宋希尧和礼部祠祭司主事卢洪春从广州发来的，他们本来是奉命出使佛郎机的，但是在吕宋岛被佛郎机人所扣押，船只也被佛郎机人所没收，萧良有等人在吕宋当地华人的帮助下才得以逃脱，搭乘尼德兰船只返回大明，向朱载坖奏报此事。
朱载坖得知消息之后勃然大怒，两国交战，尚且不斩来使，大明主动遣使佛郎机，想要释放善意，没有想到佛郎机蛮横至此，全然不把大明当回事。
萧良有等人也在奏疏说明了此事，佛郎机人之所以扣留他们，是因为他们认为大明和尼德兰是盟友，可能联手在海上对付佛郎机，除此之外还有就是萧良有等人在吕宋得知了佛郎机人屠杀华人的事情，他们担心大明因此事和佛郎机交恶，所以干脆将萧良有等人予以扣留。
朱载坖对于此事即极为愤怒的，不仅仅是因为佛郎机人敬酒不吃吃罚酒，大明好意派遣使臣，本想缓解两国关系的，没想到佛郎机人丝毫不领情，同时他们在吕宋岛上虐待华人，把他们视作奴隶，朱载坖为大明皇帝，怎么可能坐视不理。
朱载坖当即决定立即召集阁部重臣和参赞军务大臣们，商量此事，在朱载坖看来，这是佛郎机明着不把大明当回事了，大明如果不作出相应的反应，佛郎机就会得寸进尺，扣押使节，杀害大明子民，这是朱载坖所无法容忍的。
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