随着郑芝龙的尸体被高高地悬挂在他自己旗舰的未赶上，被一起包围的十几艘郑家战船选择了投降。毛钰每一艘船派出说那是人控制了这些战船。然后开始扫荡周围尚未来得及逃离的海盗船。一些原本还想停留在原地看热闹的海盗为他们的任性和胆大付出了生命的代价。
在毛钰眼里今天出现在廖罗湾的除了自己人就只能剩下死人。不是毛钰杀心重，而是如果不是毛钰有实力是根本无法扭转局面的。而且为了这一场海战，毛钰至少损失上百艘江船和几十艘海船。不趁着这个机会将郑家和刘家打残，难道等待他们东山再起。
当孔有德带着船队出现在廖罗湾西南出口的时候，毛钰已经下令战舰在海面上追击那些四散而逃的海盗船。远的已经追出去二三十里。眼看没自己什么事情了，孔有德和尚可义再次进入了火场，虽然大部分船上的火要么熄灭，要么船已经烧毁。但是按照毛钰事先的安排必须在周围反复检查不能让一个还活着的勇士拉下。
廖罗湾的第一声炮火响气得时候天还没亮，如今太阳已经西斜，毛钰下令所有的战舰、武装商船和运兵船随他前往金门岛，无论如何要赶在田和之前攻陷金门岛。她不想给郑家人任何的机会！
等到毛钰率领船队抵达金门岛的时候并没有多少船只停靠，而金门岛夏然还不知道廖罗湾发生的事情，估计也没人来通知他们。包括郑芝虎和郑彩应该是直接逃回北港去了。毛钰也没有客气下令所有的战舰炮口对准金门水寨来了两次齐射，然后派遣了一艘舢板前去交涉。当这些滞留在金门岛的海盗听说郑芝龙已经自杀，郑家战船损失大半的时候这些人都傻眼了。他们是知道昨晚毛钰企图突围的事情，也知道三方联合准备在廖罗湾伏击毛钰的。但是荷兰人那么多战舰，郑家那么多战船还有刘香那么多人，怎么就让毛钰翻盘了
等到毛钰的人下令他们立即作出决定，大部分人这才明白过来，毛钰开着这些战舰是来攻打金门水寨的。于是一部分人就想着扬帆赶紧溜，有一部分比较现实，知道在二十多艘战舰封锁下，这些小的不能再小的海盗船是无法突破封锁的。很快毛钰就用事实告诉了他们是对的。十几艘企图逃跑的海盗船无一例外地在战舰的炮击下慢下来然后船进水或者直接在海面上四分五裂。海盗们惊慌失措地落入海水中拼命挣扎。剩下的海盗船见状立即竖起了白旗。
金门岛上一些看热闹海盗和百姓也是被火炮吓得目瞪口呆。所以接下来孔有德和尚可义率领四艘运兵船攻上金门岛的时候几乎没有遭遇抵抗。金门岛存放的粮食和财物自然也就全部归了毛钰。随后毛钰率领船队进驻金门水寨，孔有德和尚可义各带一个陆战营开始清理金门岛。
一直到太阳下山，廖罗湾滞留的福船和海沧船终于全部回到金门岛。统计结果让毛钰触目惊心，驾驶着火船冲向敌人的五百勇士只从海面上打捞上来二百三十七人，其余的永远留在了廖罗湾。毛钰不心疼那一艘艘江船，心疼这些勇敢的船夫，他们并没有海军战士那么高的待遇，毛钰只是平时稍加过问一下，生活质量略微有所提高，一声令下毫不犹豫地就出发了。明知道十分危险却义无反顾。毛钰将李守信和曾立刚叫到自己的临时休息所，嘱咐他们对幸存兑现之前承诺的奖励。对于牺牲者一定要将所有的抚恤金发放到家属和亲眷手中，标准和这次战死的海军将士同等。
海军方面海沧船损失十二艘，福船损失了四艘，主要都是大陈岛和南日岛后来增援过来的船只，武装上不如海军，训练也不够。尚可喜和达代应等人的战舰破损严重必须尽快修理。
包括战舰和武装商船一共战死将士一千二百五十七人，重伤三百四十六人，轻伤两千六百三十一人。伤亡率达到了三成，主要是最开始牵制郑芝豹船队以及后来穿越东北方向的火线追击郑芝龙和刘香海盗船遭遇了强烈反击，还有就是出了廖罗湾之后为了泄愤追击刘香和郑家海船遭遇的反击。重伤主要出现在与荷兰人的战舰火炮对轰以及围攻郑芝龙的旗舰。
而敌人的损失估计也不会小，除了荷兰人损失了四艘船外，郑芝豹的支队被俘虏了将近二十艘，其余大部分葬身火海。按照郑家船队的平均载员计算至少有三千人。随后在廖罗湾的封堵和追击又至少俘虏了刘香二十七八艘船。郑家的海盗船俘虏的则更多有将近三十艘。如此一来算上被击沉的，郑家至少损失了一百五十艘大小战船，估计连同留守北港的主力战船，郑家剩下的也不到一百五十艘了。其他成功逃离的船只多少都被摧残了一番，修理这些战船将会耗费大量的材料和时间。最关键的是郑芝龙和郑芝豹都被永远留在了廖罗湾。刘香要好一些，大概损失了五十多艘。人员伤亡估计在四千左右。荷兰人逃离的最早，除了战舰的损失，其他逃离的战舰也是破烂不堪，估计将士损失也超过了一千五百人。
仔细算算毛钰除了得到开展之前郑芝龙用来引诱毛钰出站的二十万两白银，也就只剩下郑芝龙放在金门岛两万石粮食和未来记得出售价值五万左右的货物。
按照毛钰的抚恤标准这次又是血亏！这还不包括那些勇敢的将士的嘉奖。幸好经过检查荷兰人留下来的战舰和武装商船修一修还能继续用。
为了纪念这一次的海战，毛钰决定暂时停留在金门岛，那霸支队和台湾支队也在那时留下，准备为这次海战的殉难者举行集体葬礼。之后才是海军和各支队的整编。记下来很长一段时间毛钰不能发动大规模的海战了。而战兵的训练至少徐少半年，最好组织记得办法就是在商队中招募护卫充当战兵，然后新兵和伤兵去商队当护卫。
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